世界已知的被子植物个科中，云南有科。现代多数分类系统公认最原始的被子植物木兰科，全世界12属种，云南有8属50余种，第三纪孑遗植物鹅掌楸仍存在于滇东南、滇东北的原始森林中。起源古老的八角科、五味子科、樟科、金缕梅科、山茶科，在云南有丰富的种类，其中樟科、金缕梅科、山茶科为常绿阔叶林的建群树种。

云南的滇西北和滇东南是中国特有植物属的两大生物多样性中心。滇西北中心约有47个属，分隶属于27科，其中单型属19个，少型属22个，多型属6个，它们主要是温带性质。例如滇西北横断山区的高山、亚高山带，由于河谷深切而形成复杂多变的立体气候，横断山区的高山深谷在第四纪地史时期，成了第三纪植物的天然庇护所，保存有大量的孑遗植物、活化石和古植被类群。另一方面由于垂直变化大，上升速度快，并且青藏板块上升运动延续和持久，许多新生类型不断出现而演化过程中的中间类型得以保存，因此这里的区系成分新老兼备，垂直分布十分明显，形成了很多新生境下的特有种，如丽江绿绒蒿、丽江葶苈、丽江猫眼草、丽江前胡、丽江东谷、德钦景天、德钦蚤缀、中甸虎耳草、苍山虎耳草、大理白芷、怒山滇芎、贡山梅花草、滇大黄、滇紫地榆等。

滇东南生物多样性中心是石灰岩喀斯特地貌和迎东南季风的热带山地，特有属约有48个属，分隶属于36科，其中单型属33个，少型属13个，多型属2个，它们主要是热带亚热带性质，一些古特有成分，如木兰科植物（华盖木等）、蚬木、马尾树、屏边青冈、金平青冈、屏边石栎、屏边秀柱花、滇龙眼、滇假水石梓、显脉紫金牛、粗梗紫金牛是这一地区的特征种。

在两个中心均有分布的共有属11个，只出现于滇西北的有36个属，而只出现于滇东南的有37个属。两个多样性中心的特有属在成因上差异很大，滇西北占主导地位的是生态成因而历史成因次之，滇东南占主导地位的是历史成因而生态成因次之。因此滇西北是新特有中心，而滇东南却主要是古特有中心。

云南省另一特殊生境的植被类型是干热河谷植被，由于地形局限，气候特殊，既保留了部分古老的成分，也分化繁衍了一些特殊生境下的特有种类，如矮黄栌、栌菊木N、滇荆、剑叶大油芒、云南山蚂蟥、滇榄仁、锥连栎、黑枪杆、地涌金莲、丁茜等等。